Prowadzone w Zakładzie Zaopatrzenia w Wodę i Ochrony Środowiska badania dotyczące oczyszczania ścieków obejmują zarówno nowoczesne technologie oczyszczania ścieków miejskich jak i oczyszczanie ścieków z różnych gałęzi przemysłu.

Wśród tematów prac badawczych dominują następujące zagadnienia:

1) efektywne usuwanie związków węgla, azotu i fosforu ze ścieków miejskich,

2) intensyfikacja procesów oczyszczania ścieków z wykorzystaniem technologii złóż ruchomych MBBR,

3) oczyszczanie stężonych ścieków, w tym cieczy osadowych z wykorzystaniem nowoczesnych procesów takich jak anammox czy granulowany osad czynny,

4) oczyszczanie ścieków przemysłowych, w tym z przemysłu spożywczego i kosmetycznego,

5) Usuwanie ze ścieków zanieczyszczeń niebezpiecznych – contaminants emerging concern – takich jak farmaceutyki czy substancje powierzchniowo czynne. 

Sukcesywnie rozwijane zaplecze laboratoryjne i baza aparaturowa pozwalają prowadzić badania oraz kształcić studentów na coraz wyższym poziomie. Ważnym elementem rozwoju Instytutu jest aktywna współpraca z otoczeniem gospodarczym. Przykładem jest wieloletnia współpraca z przedsiębiorstwem wodociągowo-kanalizacyjnym Aquanet S.A., dzięki której Instytut od ponad dwudziestu lat eksploatuje zlokalizowaną na terenie Centralnej Oczyszczalni Ścieków dla aglomeracji poznańskiej pilotową oczyszczalnię ścieków o objętości czynnej 10m3, na której zrealizowano szereg projektów badawczych oraz ciekawych prac magisterskich dotyczących nowoczesnych procesów oczyszczania ścieków i przeróbki osadów.